Από το διδακτικό έτος 2016-2017 το γυμνάσιο και το λύκειο των Εκπαιδευτηρίων Μπακογιάννη εντάσσεται στο Δίκτυο των Συνεργαζόμενων Σχολείων της UNESCO. Είναι ένα παγκόσμιο εκπαιδευτικό δίκτυο και αριθμεί σήμερα 8.000 εκπαιδευτικά ιδρύματα όλων των βαθμίδων από 177 χώρες. Προωθεί τα προγράμματα και τις προτεραιότητες της UNESCO, υλοποιώντας πιλοτικές δράσεις, που στόχο έχουν να καταστήσουν τους νέους ανθρώπους ικανούς να αντιμετωπίσουν αποτελεσματικότερα τις προκλήσεις ενός περίπλοκου και συνεχώς αναπτυσσομένου κόσμου, αξιοποιώντας καινοτομικές εκπαιδευτικές προσεγγίσεις, μεθόδους και υλικά. Στο πλαίσιο του Προγράμματος Συνεργαζόμενων Σχολείων, η Ελληνική Εθνική Επιτροπή για την UNESCO, σε συνεργασία με τη Διεύθυνση Διεθνών Εκπαιδευτικών Σχέσεων του Υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων, έχει αναπτύξει ένα δίκτυο σχολείων, που αριθμεί σήμερα 150 εκπαιδευτικές μονάδες όλων των βαθμίδων και εργάζεται για τη διάχυση του θεσμού, τη στενότερη διασύνδεσή του με τις Έδρες UNESCO. Τα Συνεργαζόμενα Σχολεία συμμετέχουν στη διαδικτυακή πλατφόρμα της UNESCO “ASPnet in Action”, καθώς και στο διαδικτυακό σεμινάριο του Διεθνούς Οργανισμού (webinar), με θέμα τη Βιοποικιλότητα. Κατόπιν πρωτοβουλίας της Ελληνικής Εθνικής Επιτροπής για την UNESCO, διοργανώνεται ετησίως Μαθητικό Συμπόσιο των Συνεργαζόμενων Σχολείων Αττικής, με τη συμμετοχή 4 συνεργαζόμενων Σχολείων της Κύπρου. Πρόκειται για έναν καινοτόμο θεσμό, που υλοποιείται από το 2000, παρέχοντας τη δυνατότητα στους μαθητές των σχολείων που συμμετέχουν, να επικοινωνήσουν, να διασυνδεθούν και να συνεργαστούν επάνω σε ένα κοινό θέμα. Η θεματική του Συμποσίου, που είναι διαφορετική κάθε φορά, συνάδει πάντοτε με τα Προγράμματα και τις Προτεραιότητες της UNESCO.